如果您发现网站首页index.php的内容被修改，这可能是由于多种原因引起的，如黑客攻击、误操作或软件漏洞。以下是一些建议的处理步骤：

1. 立即备份：在采取任何行动之前，首先备份index.php文件以及其他相关文件和数据库。这将有助于您在需要时恢复到原始状态。
2. 检查修改内容：查看index.php文件的修改内容，确定是否存在恶意代码或其他异常情况。如果您不确定如何判断，可以寻求专业的安全人员或开发人员的帮助。
3. 恢复原始内容：如果修改是由于误操作或其他非恶意原因引起的，您可以尝试恢复index.php文件的原始内容。您可以使用备份文件进行恢复，或者从版本控制系统中获取之前的版本。
4. 检查服务器安全性：对服务器进行全面的安全检查，包括操作系统、Web服务器软件、数据库等。确保服务器的安全配置正确，并及时更新补丁和安全软件。
5. 加强网站安全措施：考虑采取一些额外的安全措施，如使用防火墙、安装安全插件、限制文件上传权限等，以提高网站的安全性。
6. 监控网站活动：定期监控网站的访问日志和文件修改记录，及时发现任何异常活动。如果发现可疑行为，及时采取措施进行处理。