使用FTP软件修改公司网站通常涉及以下步骤：首先，下载并安装FTP软件（如FileZilla）。然后，使用FTP软件连接到服务器，找到网站的根目录。使用代码编辑器打开需要修改的文件，进行编辑。保存文件并上传回服务器。确保在修改前备份原始文件，以防出现问题。